Les fantômes génétiques suggèrent les origines du marché de Covidy

22/09/2024 17:03

Une équipe de scientifiques dit qu'il est au-delà du doute raisonnable.La pandémie de Covid a commencé avec des animaux infectés vendus sur un marché, plutôt qu'une fuite de laboratoire.
Ils analysaient des centaines d'échantillons prélevés à Wuhan, en Chine, en janvier 2020.
Les résultats identifient une liste restreinte d'animaux – y compris les chiens de raton laveur, les civettes et les rats de bambou – comme sources potentielles de la pandémie.
Bien que l'on ait même mis en évidence un étalement du marché en tant que point chaud des animaux et du coronavirus, l'étude ne peut fournir de preuves définitives.
Les échantillons ont été recueillis par des responsables chinois aux premiers stades de Covid et constituent l'une des sources d'information les plus scientifiques sur les origines de la pandémie.
Un lien précoce avec le marché de gros des fruits de mer de Huanan a été établi lorsque des patients sont apparus dans des hôpitaux de Wuhan avec une pneumonie mystérieuse.
Le marché a été fermé et les équipes ont procédé à l'écouvillonnage des emplacements, y compris les étals, l'intérieur des cages d'animaux et l'équipement utilisé pour enlever les fourrures et les plumes des animaux abattus.
Leur analyse a été publiée l'an dernier et les données brutes ont été mises à la disposition d'autres scientifiques.
Aujourd'hui, une équipe aux États-Unis et en France affirme avoir réalisé des analyses génétiques encore plus avancées pour approfondir les premiers jours de Covid.
Il s'agissait d'analyser des millions de petits fragments de code génétique – ADN et ARN – afin d'établir quels animaux et virus étaient sur le marché en janvier 2020.
Nous voyons les fantômes de l'ADN et de l'ARN de ces animaux dans les échantillons environnementaux, et certains sont dans des étals où [le virus Covid] a également été trouvé, dit le Prof Florence Débarre, du Centre national de recherche scientifique.
Les résultats, publiés dans la revue Cell, mettent en lumière une série de conclusions qui se réunissent pour faire valoir leur cause.
Il montre que le virus de Covid et les animaux sensibles ont été détectés au même endroit, certains prélèvements individuels recueillant à la fois le code génétique des animaux et du coronavirus.
Ceci n'est pas uniformément réparti sur le marché et indique des points chauds très spécifiques.
Nous trouvons une histoire très cohérente en ce qui concerne ce point - même au niveau d'un seul étalage - sur le marché comme étant l'origine très probable de cette pandémie particulière, dit le Prof Kristian Andersen, de l'Institut Scripps aux États-Unis.
Toutefois, le fait d'être au même endroit en même temps n'est pas une preuve de l'infection d'aucun animal.
L'animal le plus fréquent dans les échantillons était le chien raton laveur.
Ceci a été démontré à la fois attraper et transmettre Covid dans des expériences.
D'autres animaux identifiés comme étant une source potentielle de la pandémie étaient le civet de palmier masqué, qui a également été associé à l'éclosion de Sars en 2003, ainsi que des rats de bambou hoyaux et des porc-épics malais.
Les expériences n'ont pas été faites pour voir s'ils peuvent propager le virus.
La profondeur de l'analyse génétique a permis d'identifier les types spécifiques de chiens de raton laveur vendus.
Il s'agissait de ceux qui se trouvaient le plus souvent dans la nature en Chine méridionale plutôt que de ceux qui étaient cultivés pour leur fourrure.
Cela donne aux scientifiques des indices sur l'endroit où regarder ensuite.
Les équipes de recherche ont également analysé le code génétique des échantillons viraux trouvés sur le marché et les ont comparés à des échantillons de patients au début de la pandémie.
L'examen de la variété des différentes mutations dans les échantillons viraux fournit également des indices.
Les échantillons suggèrent, mais ne prouvent pas, que Covid a commencé plus d'une fois sur le marché avec potentiellement deux événements de débordement des animaux aux humains.
Les chercheurs disent que cela soutient l'idée du marché comme l'origine, plutôt que la pandémie commençant ailleurs avec le marché ajoutant du carburant au feu dans un événement de superdiffusion.
Les scientifiques ont également utilisé les mutations pour construire l'arbre généalogique du virus et de pair dans son passé.
Si nous estimons quand est-ce que nous croyons le plus probable que la pandémie a commencé par rapport à quand est-ce que nous croyons le plus probable que l'épidémie sur le marché a commencé, ces deux se chevauchent, ils sont un et le même, dit le Prof Andersen.
Dans leur publication scientifique, la pleine diversité génétique du coronavirus observée au début de la pandémie a été trouvée sur le marché.
Le professeur Michael Worobey, de l'Université de l'Arizona, a déclaré: Plutôt que d'être une petite branche sur ce grand arbre évolutionnaire buissonnant, les séquences du marché sont à travers toutes les branches de l'arbre, d'une manière qui est compatible avec la diversité génétique réellement commençant au marché.
Il a déclaré que cette étude, combinée à d'autres données – comme les cas précoces et les hospitalisations liées au marché – tous indiquaient une origine animale de Covid.
Le professeur Worobey a dit : « C'est bien au-delà du doute raisonnable que c'est ainsi que cela s'est produit, et que d'autres explications pour les données ont exigé des scénarios absurdes vraiment fantaisistes.
Je pense qu'il y a eu un manque d'appréciation jusqu'à présent sur la force de la preuve.La théorie lab-leak soutient qu'au lieu du virus se déversant de la faune, il est venu plutôt de l'Institut Wuhan de Virologie (WIV), qui a étudié les coronavirus depuis longtemps.
Il est situé à 40 minutes en voiture du marché.
On a demandé à la communauté du renseignement des États-Unis d'évaluer la probabilité d'une fuite – accidentelle ou délibérée.
En juin 2023, toutes les agences impliquées ont déclaré qu'une fuite ou des origines animales étaient des scénarios plausibles.
Le Conseil national du renseignement et quatre autres organismes ont déclaré que les animaux étaient la source probable.
Le FBI et le Département de l'énergie pensaient que c'était plus susceptible d'être un incident de laboratoire.
Le professeur Andersen a dit: Pour beaucoup, cela semble être le scénario le plus probable - le labo est là, bien sûr c'était le labo, êtes-vous stupide?.
Je comprends tout à fait cette dispute.
Cependant, il dit qu'il y a maintenant beaucoup de données qui pointent vraiment vers le marché comme le véritable épicentre précoce et même des emplacements sur ce marché.
L'identification des animaux qui auraient pu être à l'origine de la pandémie fournit des indices sur les endroits où les scientifiques pourraient chercher d'autres preuves d'origine animale.
Cependant, parce que les fermes ont détruit leurs animaux au début de Covid, cela signifie qu'il ne peut plus y avoir de preuves à trouver.
Selon le professeur Worobey, nous avons probablement manqué notre chance.
Le professeur Alice Hughes, de l'Université de Hong Kong, qui n'a pas participé à l'analyse, a déclaré que c'était une bonne étude.
[Mais] sans écouvillonnage des animaux présents sur le marché, qui n'ont pas été collectés, nous ne pouvons pas obtenir une plus grande certitude.
Le professeur James Wood, codirecteur de Cambridge Infectious Diseases, a déclaré que l'étude a fourni des preuves très solides de la pandémie à partir des stands de la faune sur le marché.
Cependant, il a déclaré qu'il ne pouvait pas être définitif parce que les échantillons ont été recueillis après la fermeture du marché, et la pandémie a probablement commencé des semaines plus tôt.
Et il a averti que peu ou rien n'était fait pour limiter le commerce vivant de la faune, et la transmission incontrôlée des infections animales pose un risque majeur de futures pandémies.

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